乙类报告发病数居前5位的是：病毒性肝炎39311例、肺结核32407例、痢疾17654例、淋病2105例、梅毒1525例，占发病总数的95.55％；死亡数居前5位的为：肺结核、病毒性肝炎、乙型脑炎、流行性出血热、艾滋病，占死亡总数的91.43％；病死率居前5位的为：狂犬病、艾滋病、流行性脑脊髓膜炎、新生儿破伤风、炭疽（皮肤炭疽）。

    与2005年度相比，有6个病种发病上升，分别是：乙型脑炎、艾滋病、梅毒、布鲁氏菌病、炭疽、伤寒。发病下降的病种是：麻疹、狂犬病、登革热、百日咳、流行性脑脊髓膜炎、新生儿破伤风、淋病、出血热、痢疾、肺结核、病毒性肝炎、疟疾、猩红热等13种。